按目前执行的标准，北交所普通股的交易经手费为成交金额的0.125‰，买卖双方均收取；完整交易成本还要叠加券商佣金、过户费和卖出环节的证券交易印花税。也就是说，单看手续费通常只是看到了其中一项。过户费按成交金额的0.01‰双边收取，印花税按成交金额的0.5‰由卖方单边承担，券商佣金则不是统一固定费率，而是由投资者与证券公司协商确定，监管口径下最高不超过成交金额的3‰。
北交所交易经手费是最容易被混淆的部分。2023年8月28日起，普通股、优先股的费率从此前的0.25‰降至0.125‰，这笔费用由交易所收取，通常由券商代扣代缴，部分证券公司的佣金报价已经包含经手费，交割单上可能仍会拆成佣金和经手费两栏展示。投资者在计算总成本时，不能看到两栏就重复相加，也不能看到佣金费率较低，就忽略了交割单中的其他项目。
券商佣金才是账户之间差异最大的变量。监管规则给出的是上限，不是所有账户都会按千三收取，实际费率要看开户协议、资金规模、交易频率以及营业部优惠安排。市场上常见的万三只是一个便于估算的示例，并非北交所统一标准；部分券商设置5元起收，部分业务公示又可能采用不同口径，因此小额交易尤其要留意最低收费和佣金是否含经手费。长期做短线或频繁换手的投资者，真正需要比较的是综合费率，而不是宣传页面上的单一数字。
用10万元买入、10万元卖出且股价不变来估算，假设账户佣金为万三，并且经手费已经包含在佣金中，双边佣金约60元，双边过户费约2元，卖出印花税约50元，合计约112元。若券商将0.125‰经手费独立计收，则还要增加约25元，整体约137元。这个例子没有考虑最低佣金、成交金额变化和其他特殊业务费用，实际金额应以交割单为准。对于资金量较小的订单，5元起收可能让实际费率明显高于表面费率。
北交所固定规费并不算高，真正拉开成本差距的往往是佣金谈判和换手次数。买入一次、卖出一次，印花税只在卖出端出现，但经手费、过户费和佣金会在两个方向重复发生。币圈投资者习惯关注平台手续费、滑点和资金费率，转向北交所后也应建立类似的成本意识：下单前确认佣金是否全佣、是否有最低收费，成交后核对经手费、过户费与印花税是否重复计算。只有把这些项目拆开，才能得到更接近真实的持仓成本。
