北交所的交易佣金不能简单判定为高或者低，券商名义佣金上限与沪深A股保持一致，但交易所层面固定规费更高，券商默认佣金档位普遍高于主板，经过协商调整之后，也可以做到接近主板的佣金水平。很多投资者会把佣金和完整交易成本混为一谈，实际参与北交所交易，要区分券商收取的佣金，以及交易所、登记结算机构收取的各类规费，两者叠加之后，才是一笔买卖真实付出的全部手续费，只看佣金单一指标很容易产生误判。
北交所A股佣金最高不超过成交金额千分之三，单笔交易不足5元按5元收取，实行双向收费，这一点制度框架和沪深A股没有区别。但实操当中，直接线上开通北交所权限，系统沿用的板块默认费率大多高于主板，主板线上开户常见默认万三，北交所不少券商初始档位会在万五到万六区间，主板谈好的低佣，不会自动同步到北交所板块，需要投资者单独向客户经理提交调佣申请。资产规模、月度北交所成交体量会影响议价结果，资金体量较大的用户，可以把北交所佣金压到万2附近，普通中小投资者，大多可以协商到万2.5上下的档位。
真正拉开北交所和主板交易成本差距的，是交易所经手费这类固定规费，这部分费用不由券商决定，无法通过谈佣金降低。北交所经手费双向收取万1.25，对比沪深主板双向万0.541，固定成本高出不少，过户费、印花税规则和主板保持统一，过户费双向万0.01，印花税仅卖出单边收取万5。这里还要区分净佣和全佣，净佣模式下，经手费会在佣金之外额外扣取，全佣模式则是把经手费包含进券商佣金报价里面，部分投资者没分清两种模式，看到报价很低，交割单却还有额外扣费，实际综合成本并没有降下来。
交易习惯也会放大北交所手续费带来的影响，小额高频交易的投资者，会频繁触发5元最低佣金门槛，叠加更高的经手费，来回交易的手续费损耗会非常明显。反观单笔成交额较大的投资者，5元最低收费约束失效，经过调佣之后，综合成本差距会明显缩小。对于普通投资者，不要只对比佣金数字，要完整查看交割单，把佣金、经手费、过户费全部统计，以此判断真实交易成本，同时尽量减少频繁短线操作，避免手续费持续侵蚀投资收益。
