永续合约和交割合约的手续费并不完全相同，主流交易平台两类合约的手续费费率存在明显差异，多数平台永续合约的基础费率会略高于交割合约，部分平台还会根据持仓时长、杠杆档位进一步拉开费率差距，普通交易者日常交易成本会出现直观差别。
加密货币交易所针对合约产品的手续费划分，核心区分维度就是合约类型、杠杆倍数、VIP等级以及是否做市。交割合约因为存在固定交割日期，持仓周期相对可控，平台的资金周转压力更小，因此基础挂单和吃单费率普遍设定得更低，主流头部平台交割合约普通用户挂单费率大多在0.01%到0.02%区间，吃单费率维持在0.02%上下；而永续合约没有到期交割规则，平台需要承担穿仓分摊、资金费率对冲、系统长期运维的额外成本，基础费率普遍会高出0.005%到0.01%，普通用户永续合约挂单费率多在0.015%至0.03%，吃单费率也会同步上浮，高频短线交易者长期下来手续费差额会被持续放大。
除了基础费率的差异，两类合约在手续费减免规则上也存在区别，这也间接影响实际交易成本。很多交易所针对交割合约推出持仓优惠、交割期费率折扣，临近交割日部分平台会下调手续费，鼓励用户平仓了结头寸；永续合约则更多依靠VIP等级、持仓资产规模、交易量累计来减免手续费，高等级用户可以缩小两者的费率差距，但普通散户很难拿到同等优惠。同时永续合约还存在资金费这一隐性成本，虽然不属于手续费范畴，但很多交易者会把资金成本和手续费合并计算，进一步拉大了和交割合约的综合成本差距，而交割合约不存在资金费率，成本构成只有纯粹的交易手续费。
杠杆档位也会进一步影响两类合约的手续费差异，高杠杆交易场景下，平台会对永续合约收取更高的风险溢价手续费，部分平台杠杆倍数超过20倍后，永续合约手续费会上浮10%到30%，交割合约的高杠杆费率上浮幅度则相对更小。对于长线持仓的交易者来说，交割合约到期后需要手动移仓，多次移仓会产生多笔手续费累加，而永续合约可以长期持有不用移仓，虽然单笔手续费更高，但省去了频繁平仓开仓的手续费支出，长线持仓场景下两者的综合成本差距会大幅缩小，甚至部分情况下永续合约的整体成本反而更低。
不同平台的定价策略也会造成费率差异，部分二线交易平台为了吸引用户，会刻意压低永续合约手续费，缩小和交割合约的差距，甚至个别平台永续合约基础费率和交割合约持平，但这类平台往往在风控、深度、滑点上存在短板，交易体验和资金安全性远不及头部平台。交易者不能只看表面费率高低，还要结合自身交易周期、杠杆使用习惯、交易频率短线高频交易优先考虑交割合约控制手续费成本，长线持仓则可以权衡永续合约的便利性和费率差异。
